Великої шкоди посівам льону можуть завдавати хвороби, які різко знижують урожай та якість льоно-продукції. В окремих випадках посіви значно зріджуються або повністю гинуть. Найшкідливішими є:

фузаріозне в 'янення - рослини поникають, листки в'януть і сохнуть, корінці загнивають;

фузаріозне побуріння - на початку достигання вся надземна частина рослин буріє, стебло стає ламким, коробочки осипаються; іржа на листках, стеблах з'являються оранжево-іржаві плями у вигляді горбочків;

поліспороз - на стеблах льону утворюються коричневі, а потім темно-бурі плями в місцях ураження стебло стає ламким;

бактеріоз- відмирає точка росту або верхівки рослини, масово гинуть молоді рослини, в період бутонізації і цвітіння листки жовтіють і червоніють, скручуються;

пасмо - на сім'ядольних листках з'являються жовто-коричневі плями, пізніше листки на стеблі буріють і опадають, стебло теж плямисте.

 

Від ураження хворобами рослини можна захистити агротехнічними заходами. Це, насамперед, повернення льону-довгунцю нате саме поле не раніше як через 6-7 років. Науково обґрунтоване співвідношення азоту, фосфору і калію підвищує стійкість рослин до ураження фузаріозом, антракнозом, іржею, аскохітозом. Шкідливою може бути не тільки нестача добрив, а й їх надлишок. Наприклад, однобічне азотне живлення спричинює вилягання, ураженість хворобами; надмірна кількість вапна сприяє поширенню бактеріозу. Важливо дотримуватись оптимальних строків сівби і норм висіву.

Захист рослин від хвороб з допомогою фунгіцидів поєднують з обробкою посівів проти бур'янів або шкідників. У фазі "ялинки" проти антракнозу, пасма льон обробляють фундазолом (50% з.п.) з нормою 1,0 кг/га. Для захисту від фузаріозу, антракнозу льон обприскують по сходах та у фазі "ялинки" 0,4% суспензією хлорокису міді (90% з.п.) з витратою 2,2 кг/га. У бакову суміш додають 300 г борної кислоти, а при потребі інші мікроелементи.