Льон пошкоджується багатьма видами шкідників, але найбільшої шкоди йому завдають льонова блоха, льоновий трипс, плодожерка льонова, совка-гамма, люцернова совка.

З появою сходів на полі з'являється льонова блоха, яка живиться сім'ядольними та молодими справжніми листочками, після чого рослини гинуть, а якщо виживають, то відстають у рості, стають маловрожайними. Особливо великої шкоди завдає блоха у суху і жарку погоду. Для боротьби з шкідниками льону у "Перелік пестицидів і агрохімікатів, дозволених для використання в Україні" внесено лише один інсектицид. для знищення льонової блохи. У фазі сходів посіви обприскують препаратом ф’юрі (10% к.е.) з нормою внесення 100-150 г/га. Добрий ефект захисту льону від блохи та інших шкідників може дати крайова обробка посівів, коли поле обробляють по периметру на ширину 30-50 м за 1-2 дні до появи сходів.