Зібрати льон потрібно у тій фазі стиглості, коли в стеблах міститься найбільше волокна доброї якості, а насіння придатне для сівби і технічної переробки. Настання та тривалість окремих фаз стиглості залежить від кліматичних умов, системи удобрення, сорту.
У фазі зеленої стиглості стебла і коробочки ще зелені, листя починає жовтіти тільки в нижній частині рослин. Насіння досягає молочної фази стиглості, при збиранні стає щуплим, має низьку схожість. Нагромадження волокна в стеблах ще не закінчилося, тому й вихід довгого волокна низький. Волокно тонке, шовковисте, але не міцне. З нього виготовляють батист, мережива.
У фазі ранньої жовтої стиглості рослини жовтіють, крім верхніх листків. Насіння в 65-75% жовто-зелених коробочок світло-зелене з жовтим носиком. Решта коробочок - жовті з жовтим насінням. Волокно повністю сформувалося. При збиранні в цій фазі одержують максимальний вихід високоякісного волокна.
Жовта стиглість настає через 5-6 днів після початку ранньої жовтої стиглості. Листя жовте, майже повністю осипається. У 50% коробочок насіння жовте, в решті світло-коричневе, трапляється жовто-зелене. В оболонках волокнистих клітин нагромаджується лігнін, який спричинює відносно більше здерев'яніння волокна. Якість волокна в цій фазі дещо погіршується (воно жорсткіше, не еластичне).
У фазі повної стиглості стебла льону безлисті. Вони, як і коробочки, мають бурий колір, а насіння коричневе. Коробочки частково розтріскуються, що призводить до втрат насіння. Інтенсивно відбувається здерев'яніння оболонок волокнистих клітин. Якість волокна такого льону найнижча.
Фази стиглості і строки збирання льону можна встановити за абсолютною вологістю насінних коробочок. Кожній фазі стиглості відповідає певна вологість коробочок (табл. 3).
Таблиця 3. - Відповідність фаз стиглості льону-довгунцю вологості коробочок
Фаза стиглості
Вологість насінних коробочок (абсолютна вологість, визначена лабораторним методом з висушуванням у термостаті), %
Зелена
230-140
Рання жовта
139-70
Жовта
69-30
Повна
29-10
 
Для прискорення початку збиральних робіт, вирівнювання дозрівання насіння льону, підвищення його схожості, зниження затрат на сушіння проводять десикацію. Особливо важливо це на насінницьких посівах. Десикацію здійснюють у фазі ранньої жовтої стиглості льону, коли посіви починають набувати жовтувато-зеленого кольору.
Після кінця цвітіння до часу десикації має пройти 25-30 днів. Недопустима дуже рання десикація (під час зеленої стиглості), бо насіння буде щуплим. Використовують для десикації льону-довгунцю гліфоган, домінатор або раундап з нормою 3 л/га. Збирають льонопродукцію через 14 днів після обприскування посівів.
Крім підсушування рослин льону десиканти-гербіциди знищують зелені бур'яни, в тому числі багаторічні (пирій) і очищають поле для наступної культури у сівозміні.