Першим заходом догляду є коткування. Для знищення ґрунтової кірки проводять боронування райборінками впоперек напрямку рядків. Сходи льону з'являються за сприятливих умов на 6-12 день після сівби. На широкорядних посівах проводять ша-ровку і 2-3 рази розпушують міжряддя лапами і долотами.

Найефективніше боротися з бур'янами за допомогою гербіцидів. Вносять 2М-4Х (0,8-1,0 кг/га), коли рослини льону мають висоту 10-20 см. Використовують також базагран, льонок.

Найчастіше льон уражують такі хвороби: фузаріоз, поліспороз, антракноз, бактеріоз, аскохітоз та ін. Для захисту від них посіви обробляють хлорокисом міді.

Проти шкідників (блоха, трипси, листокрутка льонова, гусениці різних совок) використовують інсектициди - децис, карате та ін.