Льон олійний краще збирати двофазним способом. Скошування у валки починають при достиганні 50-75% коробочок. Вони пожовклі і побурілі, при струшуванні насіння в коробочках торохтить. Вологість насіння 25-35%. Висота зрізу має бути 12-14 см. Така стерня забезпечує швидке і рівномірне підсихання валка.

Підбирають і обмолочують валки через 6-8 днів за вологості насіння 12%. Якщо обмолочувати не просушені валки, спостерігаються великі втрати насіння від недомолоту і намотування стебел на обертальні частини комбайна.

При двосторонньому використанні, льон скошують у валки у фазі жовтої стиглості при висоті зрізу 10 см. Після обмолочування солома розстеляється валками за комбайнами. За сирої і теплої погоди стебла льону можуть вилежуватися за 10-12 днів. Пізніше їх підбирають і відправляють на переробку на льонозавод.

При застосуванні десикантів льон збирають прямим комбайнуванням. Насіння очищають і зберігають за вологості не більше 12%.