Від сівби до збирання фізіологічно стиглого врожаю рослини проходять такі фенологічні фази: сходи, ялинка, бутонізація, цвітіння, достигання.
Фаза сходів.
Висіяне в ґрунт насіння за оптимальної температури проростає через 5-8 днів. Сім'ядольні листочки виходять на поверхню ґрунту, між ними міститься брунька, з якої розвивається пізніше стебло з листками, квітками і коробочками. У цей період інтенсивно росте коренева система. За 6-7 днів головний корінь заглиблюється в ґрунт на 15-22 см, а у верхній його частині формується густа сітка бічних корінців. При потребі у фазі сходів проводять боротьбу з льоновою блохою.
Фаза "ялинки".
Ріст дуже повільний. Тривалість фази 15-20 днів. Інтенсивно росте і розвивається коренева система. У фазі "ялинки" рослини досягають висоти 5-10 см і мають 5-6 пар справжніх листочків. При потребі посіви обробляють гербіцидами для знищення бур'янів.
Ці дві фази характеризуються повільним ростом стебла у висоту і швидким ростом кореневої системи. Після фази "ялинки" наступає період інтенсивного росту стебла (рослина збільшується у висоту на 2,5-5,0 см за добу), який продовжується і в фазі бутонізації.
Фаза бутонізації.
Приріст льону в висоту досягає 3-5 см за добу. У цей період в стеблах формується волокно і генеративні органи, що забезпечують урожай насіння. Інтенсивний ріст рослин триває 12-20 днів. Загальна висота рослин досягає 50-60 см. Достатнє забезпечення поживними речовинами і вологою, відсутність бур'янів у цей період - основа формування високого врожаю волокна і насіння.
Фаза цвітіння.
Починається зацвітанням 10% рослин і триває 5-10 днів. Ріст рослин льону у висоту сповільнюється (ростуть тільки суцвіття), а під кінець фази цвітіння повністю припиняється. Закінчується формування волокна в стеблах.
Фаза достигання.
Характеризується швидким здерев'янінням стебла і формуванням та достиганням насіння. Розрізняють зелену, ранню жовту, жовту і повну стиглість льону. Не можна льон збирати у фазі зеленої стиглості, оскільки зменшується урожайність, погіршується якість волокна, насіння має нижчу схожість. У ранній жовтій і жовтій фазах льон достигає на волокно; у жовтій і повній - на насіння. Вегетаційний період льону-довгунцю становить 75-90 днів.